Web document 16.3. Global pairwise alignment of two segmentally duplicated blocks.
Two segmentally duplicated blocks occur at the HBG1 and HBG2
loci on human chromosome 11. The global alignment, available by following
the link for either duplication block on the UCSC
website, is shown below and is also available from http://humanparalogy.gs.washington.edu/build36/align_both//0005/both026046.
FAST ALIGN chr11.fa (5224643 to 5228787) vs chr11.fa (5229436 to 5233717)
Global alignment with 4308 spaces. -f -40 -g -1
5224650 5224660 5224670 5224680 5224690 5224700
chr11.fa AGAAGTTCCTGAAAGAAGGAAGGGCATGTGCCAAATTCTGAGGCTGAGGAGAAAAAAGAA
1 |||||||||||||||*||||||||||||||**|||*||||||||||||||*|||||||||
chr11.fa AGAAGTTCCTGAAAGTAGGAAGGGCATGTGGAAAACTCTGAGGCTGAGGAAAAAAAAGAA
5229440 5229450 5229460 5229470 5229480 5229490
5224710 5224720 5224730 5224740 5224750 5224760
chr11.fa AGAAAGAAAAAAAGAATAAAGAACTTTACATTTCACTGTATGTAAAGACATTACAAGGCT
61 |||||||||*|*| ||*|||||||||*||||||||||||||*||||*||||||||||*||
chr11.fa AGAAAGAAATATA-AAGAAAGAACTTGACATTTCACTGTATATAAACACATTACAAGCCT
5229500 5229510 5229520 5229530 5229540 5229550
5224770 5224780 5224790 5224800 5224810 5224820
chr11.fa AGAGTAAAGCATGTTGAAGTAAAAATAGGAGAAATCAAAGTTAGAGAGAAGGGCGCAGGC
121 | |||*|*|||||||*|||||| ||||*|||||||||||*||||||||*|||||
chr11.fa A-----AAGTACGTTGAAGAAAAAAT---AGAATTCAAAGTTAGACAGAAGGGCTCAGGC
5229560 5229570 5229580 5229590 5229600
5224830 5224840 5224850 5224860 5224870 5224880
chr11.fa TTATTATTTGGGTCTTATAGATGAGAGTAGTAGAGTAGGTATTTTATACTGAAACATAGG
181 |||*||||||**|||||*||||||||||||||||||*||||||||||*||||||||*||*
chr11.fa TTACTATTTGCATCTTACAGATGAGAGTAGTAGAGTTGGTATTTTATTCTGAAACACAGA
5229610 5229620 5229630 5229640 5229650 5229660
5224890 5224900 5224910 5224920 5224930 5224940
chr11.fa GGACGAGGGGAGCTTTGCAAACCTGAGATAAACATGGTCTGTAGTCCACTCAAAACCCAA
241 ||||*||*||||*||||*||||||||||||||||||||*|*||*||||||*||*|||*||
chr11.fa GGACAAGTGGAGATTTGTAAACCTGAGATAAACATGGTTTCTAATCCACTGAACACCGAA
5229670 5229680 5229690 5229700 5229710 5229720
5224950 5224960 5224970 5224980 5224990 5225000
chr11.fa GCTTATTTTTTTCTCCTTCTTCATCTGCCTTACTCAGTGCAAGGTGCTATAACAAAATAC
301 |||||||||||||||*||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||*
chr11.fa GCTTATTTTTTTCTCTTTCTTCATCTGCCTTACTTAGTGCAAGGTGCTATAACAAAATAG
5229730 5229740 5229750 5229760 5229770 5229780
5225010 5225020 5225030 5225040 5225050 5225060
chr11.fa AAAAGACTGGGTGGCTTCAACAACAGAGTTTTTTCTCACATTTCTGAAGGCTGACTCGTG
361 *|*||||||||||*||||||||||||**|||||||||||*|||||| |||**||*||
chr11.fa CATAGACTGGGTGACTTCAACAACAGGATTTTTTCTCACTTTTCTG----CTGGTTCCTG
5229790 5229800 5229810 5229820 5229830 5229840
5225070 5225080 5225090 5225100 5225110 5225120
chr11.fa GTCAGGGTTCTCTTCCTGGATTGCAGATGGCGGACTTCTCACTGTGTCCTCACCGGGAGG
421 |||||||*|||||||||||*||||||*||||*||||||*|||||||||||||||*|*|||
chr11.fa GTCAGGGCTCTCTTCCTGGGTTGCAGGTGGCTGACTTCCCACTGTGTCCTCACCAGAAGG
5229850 5229860 5229870 5229880 5229890 5229900
5225130 5225140 5225150 5225160 5225170 5225180
chr11.fa AAAGAGAAATGGCTTGTCTCTCTGCTTCTGATAAGGAAAATAATTTTATGATGGGGATCT
481 || |||||||||||**||||||||||||||||*||||||||||||*||||||||||||||
chr11.fa AA-GAGAAATGGCTAATCTCTCTGCTTCTGATGAGGAAAATAATTCTATGATGGGGATCT
5229910 5229920 5229930 5229940 5229950 5229960
5225190 5225200 5225210 5225220 5225230 5225240
chr11.fa GCTCTTATGAGCTCATCTAAACCTAATTACTTTTCAAAAGCCTCCCCCACAGATAAGGTC
541 |||||*||||||||*|||||||||*||||||||||*|||||||||||||||*||***|*|
chr11.fa GCTCTCATGAGCTCCTCTAAACCTGATTACTTTTCCAAAGCCTCCCCCACAAATGGAGCC
5229970 5229980 5229990 5230000 5230010 5230020
5225250 5225260 5225270 5225280 5225290 5225300
chr11.fa AGTTGGGAGTTGGGGATTCAGCATGTGAATTTTGAGGAGACACAAACATTAGGTCCGTAA
601 |*|||||||||||||||||||||||||||||||**||||||||||*|*|||*||*|*|||
chr11.fa AATTGGGAGTTGGGGATTCAGCATGTGAATTTTCTGGAGACACAAGCGTTAAGTTCATAA
5230030 5230040 5230050 5230060 5230070 5230080
5225310 5225320 5225330 5225340 5225350
chr11.fa CACCATCATATTAAACT-----CTTACTTATAGAGATGCACTAACATCCAACTATACAAA
661 ||||||||*|||||||| |||*|||||**|**||||*||||*|*|||*||||*||*
chr11.fa CACCATCACATTAAACTAAACTCTTGCTTATTAACGTGCATTAACTTTCAATTATATAAG
5230090 5230100 5230110 5230120 5230130 5230140
5225360 5225370 5225380 5225390 5225400 5225410
chr11.fa AATTCCATTAAGTAAGCCTTC-CAATTAATGTTGTACAAATTCTTCCCACTACATTTTGA
721 ||*||||*|*|*|**|||||| |||||||||||*||||||||||||*|||||*|||||*|
chr11.fa AACTCCAGTGAATCTGCCTTCTCAATTAATGTTATACAAATTCTTCACACTATATTTTCA
5230150 5230160 5230170 5230180 5230190 5230200
5225420 5225430 5225440 5225450 5225460 5225470
chr11.fa TCTCACAGTGCTGGTCTGTTTCTCAGACATAACATGCTCATGCTGACTTGTGAGCCTCTG
781 |||*||*||||||*||||*|*||*||||||*|||*|||*||||||||||||||||*||||
chr11.fa TCTGACCGTGCTGTTCTGCTGCTGAGACATGACACGCTGATGCTGACTTGTGAGCTTCTG
5230210 5230220 5230230 5230240 5230250 5230260
5225480 5225490 5225500 5225510 5225520 5225530
chr11.fa CTGATTCATTTCTTACACCTAAGTCCCCACCTCCCCCAGAGTCTTACAATGAGGTCTCTC
841 |||**|||||||*|*||||||||||||||||||||* |||**||||||||||||||||**
chr11.fa CTGGCTCATTTCCTTCACCTAAGTCCCCACCTCCCT-AGAAGCTTACAATGAGGTCTCCT
5230270 5230280 5230290 5230300 5230310 5230320
5225540 5225550 5225560 5225570 5225580 5225590
chr11.fa CCTTGAAATGCTGTGACCAATCTGCACACTTGAGGGCATGGGATTAATTTCACTTTCTTA
901 |||||||||||||||||||*||||*|*||||*||||*||||||||||||||||*|**|||
chr11.fa CCTTGAAATGCTGTGACCAGTCTGTAGACTTAAGGGTATGGGATTAATTTCACCTCTTTA
5230330 5230340 5230350 5230360 5230370 5230380
5225600
chr11.fa GGCATCC-----------------------------------------------------
961 |||||*|
chr11.fa GGCATGCGTCAACACTTAAAATGAAAAGTTCCTTAGTAAAGTAAGGATCACTTCATTGTA
5230390 5230400 5230410 5230420 5230430 5230440
chr11.fa ------------------------------------------------------------
1021
chr11.fa GTTACCGTGGAAAGAAAAACCTGTTTCCTGCTCTGATCTCTAACACCTCAACCTCCCTGT
5230450 5230460 5230470 5230480 5230490 5230500
5225610 5225620 5225630 5225640 5225650
chr11.fa --------ACAAGGGCTGTGAAAAGCTAAGTGCCATTAGAAATAGTATTCCTCCTAATAA
1081 ||||||||||*|||||||*|**||||*||*|||||||||||*|*||||||||
chr11.fa AGAGCCTCACAAGGGCTGAGAAAAGCCAGATGCCGTTGGAAATAGTATTGCCCCTAATAA
5230510 5230520 5230530 5230540 5230550 5230560
5225660 5225670 5225680 5225690 5225700 5225710
chr11.fa AATAGAATTGCTACACCTGACTAAACCTTGAATTCCTAAAGCTTGGAACACTTTCCCTTC
1141 ||||||||*||||**||||*|||||||||||*||||||||||||||||||||||**||||
chr11.fa AATAGAATGGCTATCCCTGCCTAAACCTTGACTTCCTAAAGCTTGGAACACTTTTTCTTC
5230570 5230580 5230590 5230600 5230610 5230620
5225720 5225730 5225740 5225750 5225760
chr11.fa CTTAAGAACCATCCTTGCTACTCAGCTGCAATCAA----------TCCAGCCCCCAGGTC
1201 *||*||**||*||||*|||*||**|||||||||*| |*||||||||
chr11.fa GTTGAGCCCCTTCCTCGCTGCTGTGCTGCAATCCAGGGAAGGGGGTTCAGCCCCC-----
5230630 5230640 5230650 5230660 5230670
5225770 5225780 5225790 5225800 5225810 5225820
chr11.fa TTCACTGAACCTTTTCCCATCTCTTCCAAAACATCTGTTTCTGAGAAGTCCTGTCCTATA
1261 ||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||
chr11.fa TTCACTGAACCTTTCCCCATCTCTTCCAAAACATCTGTTTCTGAGGAGTCCTGTCCTATA
5230680 5230690 5230700 5230710 5230720 5230730
5225830 5225840 5225850 5225860 5225870 5225880
chr11.fa GAGGTCTTTCTTCCCACCGGATTTCTCCTACACCATTTACTCCCACTTGCAGAACTCCCG
1321 ||||||||||||||*|||*||||||||||*||||*||||||||||||||||||||||||*
chr11.fa GAGGTCTTTCTTCCAACCAGATTTCTCCTGCACCTTTTACTCCCACTTGCAGAACTCCCA
5230740 5230750 5230760 5230770 5230780 5230790
5225890 5225900 5225910 5225920 5225930
chr11.fa TGTACAAGTGTCTTTACTGC-------TTTTATTTGCTCATCAAAATGCACATCTCATAT
1381 |||||||||*||||||*||| |||||||||||||||||||**|||||||*|**|
chr11.fa TGTACAAGTTTCTTTATTGCCTAGTTCTTTTATTTGCTCATCAAAACCCACATCTAACGT
5230800 5230810 5230820 5230830 5230840 5230850
5225940 5225950 5225960 5225970 5225980 5225990
chr11.fa AAAAATAAA--TGAGGAGCATGCACACACCACAAACACAAACAGGCATGCAGAAATACAC
1441 |||*|*||| ||*||||**||||||***||||||||||*|*||*||||*|*||||||||
chr11.fa AAACAAAAAAGTGTGGAGTGTGCACATGACACAAACACACATAGCCATGTATAAATACAC
5230860 5230870 5230880 5230890 5230900 5230910
5226000 5226010 5226020 5226030 5226040 5226050
chr11.fa ATACACACTTCCCTCAATATAAA-CCCTTTGTGGCTCATATATTTAAAAAGATGTAAAAA
1501 |||*||||*||||||||*||||| ||||||||||||||||||||||||||||**||||||
chr11.fa ATAAACACATCCCTCAACATAAAACCCTTTGTGGCTCATATATTTAAAAAGACATAAAAA
5230920 5230930 5230940 5230950 5230960 5230970
5226060 5226070 5226080 5226090 5226100 5226110
chr11.fa AAAGAGCTGAAGAAAATCATGTGTGATCTCTCAGCAGAATAGATTTATTATTTGTATTGC
1561 || ||*|||||||*||*||||||||||||||*|||||||||||||||||||||| |||||
chr11.fa AA-GAACTGAAGACAACCATGTGTGATCTCTTAGCAGAATAGATTTATTATTTG-ATTGC
5230980 5230990 5231000 5231010 5231020 5231030
5226120 5226130 5226140 5226150 5226160 5226170
chr11.fa TTGCAGAATAAAGCCTATCCTTGAAAGCTCTGAATCATGGGCAGTGAGCTCAGTGGTATC
1621 ||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa TTGCAGAATAAAGCCTATCCTTGAAAGCTCTGCATCATGGGCAGTGAGCTCAGTGGTATC
5231040 5231050 5231060 5231070 5231080 5231090
5226180 5226190 5226200 5226210 5226220 5226230
chr11.fa TGGAGGACAGGGCACTGGCCACTGCAGTCACCATCTTCTGCCAGGAAGCCTGCACCTCAG
1681 |||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa TGGAGGACAGGGCACTGGCCACTCCAGTCACCATCTTCTGCCAGGAAGCCTGCACCTCAG
5231100 5231110 5231120 5231130 5231140 5231150
5226240 5226250 5226260 5226270 5226280 5226290
chr11.fa GGGTGAATTCTTTGCCGAAATGGATTGCCAAAACGGTCACCAGCACATTTCCCAGGAGCT
1741 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa GGGTGAATTCTTTGCCGAAATGGATTGCCAAAACGGTCACCAGCACATTTCCCAGGAGCT
5231160 5231170 5231180 5231190 5231200 5231210
5226300 5226310 5226320 5226330 5226340 5226350
chr11.fa GTTGAGATGAAAGGAGACAATAAAGATGAACCCATAGTGAGCTGAGAGCTCCAGCCTGGC
1801 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa GTTGAGATGAAAGGAGACAATAAAGATGAACCCATAGTGAGCTGAGAGCTCCAGCCTGGC
5231220 5231230 5231240 5231250 5231260 5231270
5226360 5226370 5226380 5226390 5226400 5226410
chr11.fa CTCCAGATAACTACACACCAAGCTTCCACCCAGAATCAAGCCTATGTTAACTTCCCTCAA
1861 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa CTCCAGATAACTACACACCAAGCTTCCACCCAGAATCAAGCCTATGTTAACTTCCCTCAA
5231280 5231290 5231300 5231310 5231320 5231330
5226420 5226430 5226440 5226450 5226460 5226470
chr11.fa AGCCTGAGATTTTGCCTTCCCATTAAATGCAGGTAGTTGTTCCCCTTCAAGCACTAGTCA
1921 |||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||**|||**|||||||||||
chr11.fa AGCCTGAGATTTTGCTTTCCCATTAAATGCAGGTAGTTGTTCTTCTTGCAGCACTAGTCA
5231340 5231350 5231360 5231370 5231380 5231390
5226480 5226490 5226500 5226510 5226520 5226530
chr11.fa CTGGCCATAATTTAAATCTTGCTATCTTCTTGCCACCATGAACCCTGTATGTTGTAGGCT
1981 |||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||*||||||||
chr11.fa CTGGCCATAATTTAAATCTTGTTATCTTCTTGCCACCATGAACCCTGTATGCTGTAGGCT
5231400 5231410 5231420 5231430 5231440 5231450
5226540 5226550 5226560 5226570 5226580 5226590
chr11.fa GAAGACGTTAAAAGAAACACACGCTGACACACACACACA--CACGCGCGCGCGCACACAC
2041 |||*|||||||||||||||||||||**|||||||||||| |||*|||||||*|||||||
chr11.fa GAAAACGTTAAAAGAAACACACGCTCTCACACACACACAAACACACGCGCGCACACACAC
5231460 5231470 5231480 5231490 5231500 5231510
5226600 5226610 5226620 5226630 5226640 5226650
chr11.fa ACACACACACACAGAGCTGACTTTCAAAATCTACTCCAGCCCAAATGTTTCAATTGTTCC
2101 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa ACACACACACACAGAGCTGACTTTCAAAATCTACTCCAGCCCAAATGTTTCAATTGTTCC
5231520 5231530 5231540 5231550 5231560 5231570
5226660 5226670 5226680 5226690 5226700 5226710
chr11.fa TCACCCCTGGACATACTTTGCCCCCATCTGGAATTAAAGGATATAAGTTTGTAATGAAGC
2161 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa TCACCCCTGGACATACTTTGCCCCCATCTGGAATTAAAGGATATAAGTTTGTAATGAAGC
5231580 5231590 5231600 5231610 5231620 5231630
5226720 5226730 5226740 5226750 5226760 5226770
chr11.fa ATTAGCAGCATTTTATATGTGTCCAGCTGATATAGGAATAGCCTTAGCAATGTATGTTTG
2221 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa ATTAGCAGCATTTTATATGTGTCCAGCTGATATAGGAATAGCCTTAGCAATGTATGTTTG
5231640 5231650 5231660 5231670 5231680 5231690
5226780 5226790 5226800 5226810 5226820 5226830
chr11.fa GCCACCAAAGTTCCCCACTTTGACTGAGCCAATATATGCCTTCTGCCTGCATCTTTTTAA
2281 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa GCCACCAAAGTTCCCCACTTTGACTGAGCCAATATATGCCTTCTGCCTGCATCTTTTTAA
5231700 5231710 5231720 5231730 5231740 5231750
5226840 5226850 5226860 5226870 5226880 5226890
chr11.fa CGACCATACTTGTCCTGCCTCCAGATAGATGTTTTAAAAC----AACAAAAATGAGGGAA
2341 *||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||**|||||
chr11.fa TGACCATACTTGTCCTGCCTCCAGATAGATGTTTTAAAACGAATAACAAAAATAGGGGAA
5231760 5231770 5231780 5231790 5231800 5231810
5226900 5226910 5226920 5226930 5226940 5226950
chr11.fa AGATGAAAGTTCTTTCTACTGGAATCTAATAAAGAAAAGTCATTTTCCTCATTTCCACCT
2401 ||*||||||||||||||||*|*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa AGGTGAAAGTTCTTTCTACCGAAATCTAATAAAGAAAAGTCATTTTCCTCATTTCCACCT
5231820 5231830 5231840 5231850 5231860 5231870
5226960 5226970 5226980 5226990 5227000 5227010
chr11.fa CTCTTTTCTCAAAGTCAAAATTGTCCATCTAGATTTTTAGAGGCACTCCTTAGGCCCTAA
2461 |||||||||||||||||||*|||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||
chr11.fa CTCTTTTCTCAAAGTCAAAGTTGTCCATCTAGATTTTCAGAGGCACTCCTTAGGCCCTAA
5231880 5231890 5231900 5231910 5231920 5231930
5227020 5227030 5227040 5227050 5227060 5227070
chr11.fa AACATTACCACTGGGTCTCAGCCCAGTTAGTCCTCTGCAGTTTCTTCACCCCCAACCCCA
2521 ||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||
chr11.fa AACATTGCCACTGGGTCTCAGCCCAGTTAGTCCTCTGCAGTTTCTTCACTCCCAACCCCA
5231940 5231950 5231960 5231970 5231980 5231990
5227080 5227090 5227100 5227110 5227120 5227130
chr11.fa GTATCTTCAAACAGCTCACACCCTGCTGTGCTCAGATCAATACTCCGTTGTCTAAGTTGC
2581 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||
chr11.fa GTATCTTCAAACAGCTCACACCCTGCTGTGCTCAGATCAATACTCAGTTGTCTAAGTTGC
5232000 5232010 5232020 5232030 5232040 5232050
5227140 5227150 5227160 5227170 5227180 5227190
chr11.fa CTCGAGACTAAAGGCAACAGGGCTGAAACATCTCCTGGACTCACCTTGAAGTTCTCAGGA
2641 ||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa CTCGAGACTAAAGGCAACAGTGCTGAAACATCTCCTGGACTCACCTTGAAGTTCTCAGGA
5232060 5232070 5232080 5232090 5232100 5232110
5227200 5227210 5227220 5227230 5227240 5227250
chr11.fa TCCACATGCAGCTTGTCACAGTGCAGTTCACTCAGCTGGGCAAAGGTGCCCTTGAGATCA
2701 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa TCCACATGCAGCTTGTCACAGTGCAGTTCACTCAGCTGGGCAAAGGTGCCCTTGAGATCA
5232120 5232130 5232140 5232150 5232160 5232170
5227260 5227270 5227280 5227290 5227300 5227310
chr11.fa TCCAGGTGCTTTGTGGCATCTCCCAAGGAAGTCAGCACCTTCTTGCCATGTGCCTTGACT
2761 ||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa TCCAGGTGCTTTATGGCATCTCCCAAGGAAGTCAGCACCTTCTTGCCATGTGCCTTGACT
5232180 5232190 5232200 5232210 5232220 5232230
5227320 5227330 5227340 5227350 5227360 5227370
chr11.fa TTGGGGTTGCCCATGATGGCAGAGGCAGAGGACAGGTTGCCAAAGCTGTCAAAGAACCTC
2821 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa TTGGGGTTGCCCATGATGGCAGAGGCAGAGGACAGGTTGCCAAAGCTGTCAAAGAACCTC
5232240 5232250 5232260 5232270 5232280 5232290
5227380 5227390 5227400 5227410 5227420 5227430
chr11.fa TGGGTCCATGGGTAGACAACCAGGAGCCTGTGAGATTGACAAGAACAGTTTGACAGTCAG
2881 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa TGGGTCCATGGGTAGACAACCAGGAGCCTGTGAGATTGACAAGAACAGTTTGACAGTCAG
5232300 5232310 5232320 5232330 5232340 5232350
5227440 5227450 5227460 5227470 5227480 5227490
chr11.fa AAGGTGCCACAAATCCTGAGAAGCGACCTGGACTTTTGCCAGGCACAGGGTCCTTCCTTC
2941 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa AAGGTGCCACAAATCCTGAGAAGCGACCTGGACTTTTGCCAGGCACAGGGTCCTTCCTTC
5232360 5232370 5232380 5232390 5232400 5232410
5227500 5227510 5227520 5227530 5227540 5227550
chr11.fa CCTCCCTTGTCCTGGTCACCAGAGCCTACCTTCCCAGGGTTTCTCCTCCAGCATCTTCCA
3001 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa CCTCCCTTGTCCTGGTCACCAGAGCCTACCTTCCCAGGGTTTCTCCTCCAGCATCTTCCA
5232420 5232430 5232440 5232450 5232460 5232470
5227560 5227570 5227580 5227590 5227600 5227610
chr11.fa CATTCACCTTGCCCCACAGGCTTGTGATAGTAGCCTTGTCCTCCTCTGTGAAATGACCCA
3061 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa CATTCACCTTGCCCCACAGGCTTGTGATAGTAGCCTTGTCCTCCTCTGTGAAATGACCCA
5232480 5232490 5232500 5232510 5232520 5232530
5227620 5227630 5227640 5227650 5227660 5227670
chr11.fa TGGCGTCTGGACTAGGAGCTTATTGATAACCTCAGACGTTCCAGAAGCGAGTGTGTGGAA
3121 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa TGGCGTCTGGACTAGGAGCTTATTGATAACCTCAGACGTTCCAGAAGCGAGTGTGTGGAA
5232540 5232550 5232560 5232570 5232580 5232590
5227680 5227690 5227700 5227710 5227720 5227730
chr11.fa CTGCTGAAGGGTGCTTCCTTTTATTCTTCATCCCTAGCCAGCCGCCGGCCCCTGGCCTCA
3181 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa CTGCTGAAGGGTGCTTCCTTTTATTCTTCATCCCTAGCCAGCCGCCGGCCCCTGGCCTCA
5232600 5232610 5232620 5232630 5232640 5232650
5227740 5227750 5227760 5227770 5227780 5227790
chr11.fa CTGGATACTCTAAGACTATTGGTCAAGTTTGCCTTGTCAAGGCTATTGGTCAAGGCAAGG
3241 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa CTGGATACTCTAAGACTATTGGTCAAGTTTGCCTTGTCAAGGCTATTGGTCAAGGCAAGG
5232660 5232670 5232680 5232690 5232700 5232710
5227800 5227810 5227820 5227830 5227840 5227850
chr11.fa CTGGCCAACCCATGGGTGGAGTTTAGCCAGGGACCGTTTCAGACAGATATTTGCATTGAG
3301 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa CTGGCCAACCCATGGGTGGAGTTTAGCCAGGGACCGTTTCAGACAGATATTTGCATTGAG
5232720 5232730 5232740 5232750 5232760 5232770
5227860 5227870 5227880 5227890 5227900
chr11.fa ATAGTGTGGGGAAGGGGCCCCCAAGAGGATACTGCT----AATTTTTTTTATAGCCTTTG
3361 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
chr11.fa ATAGTGTGGGGAAGGGGCCCCCAAGAGGATACTGCTGCTTAATTTTTTTTATAGCCTTTG
5232780 5232790 5232800 5232810 5232820 5232830
5227910 5227920 5227930 5227940 5227950 5227960
chr11.fa CCTTGTTCCGATTCAGTCATTCCAGTTTTTCTCTAATTTATTCTTCCCTTTAGCTAGTTT
3421 ||||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa CCTTGTTCCGATTCAGTCATTCCAATTTTTCTCTAATTTATTCTTCCCTTTAGCTAGTTT
5232840 5232850 5232860 5232870 5232880 5232890
5227970 5227980 5227990 5228000 5228010 5228020
chr11.fa CCTTCTCCCATCATAGAGGATACCAGGACTTCTTTTGTCAGCCGTTTTTTACCTTCTTGT
3481 *|||||||||*||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||
chr11.fa TCTTCTCCCACCATAGAAGATACCAGGACTTCTTTTGTCAGCCGTTTTTCACCTTCTTGT
5232900 5232910 5232920 5232930 5232940 5232950
5228030 5228040 5228050 5228060 5228070 5228080
chr11.fa CTCTAGCTCCAGTGAGGCCTGTAGTTTAAAGCTAAAGCATGTACCAATTTTTGAAAAGTT
3541 ||*||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||
chr11.fa CTGTAGCTCCAGTGAGGCCTGTAGTTTAAAGTTAAAGCATGTACCAATTTTTGAAAAGTT
5232960 5232970 5232980 5232990 5233000 5233010
5228090 5228100 5228110 5228120 5228130 5228140
chr11.fa CAGGGATTGTGAAATGTGTTTTAGGCATAGGTCCAGGATTTTTGACGGGACAAATCTTAG
3601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||**||||||
chr11.fa CAGGGATTGTGAAATGTGTTTTAGGCATAGGTCCAGGATTTTTGATGGGACACGTCTTAG
5233020 5233030 5233040 5233050 5233060 5233070
5228150 5228160 5228170 5228180 5228190 5228200
chr11.fa TCTCTTTCAGTTAGCAGTGGTTTCTAAGGAAAAAGTGCTATACTTCTTTTTGAATATACT
3661 ||||*||*|||*||||*|||||||*||**||*|||||||||||||*|*||||||||||||
chr11.fa TCTCATTTAGTAAGCATTGGTTTCCAAATAAGAAGTGCTATACTTATCTTTGAATATACT
5233080 5233090 5233100 5233110 5233120 5233130
5228210 5228220 5228230 5228240 5228250 5228260
chr11.fa CTTTGTGACTTTTG-CCATTATCTCTTAATTTCTCAATAGTGCAGTGAAAACAATTTCTA
3721 ||*||||**|||*| ||||||||||||||*||||||*|||||*||||||||* |*|||
chr11.fa CTCTGTGGTTTTAGGCCATTATCTCTTAAGTTCTCATTAGTGTAGTGAAAAA---TCCTA
5233140 5233150 5233160 5233170 5233180 5233190
5228270 5228280 5228290 5228300 5228310 5228320
chr11.fa TAAAGCCACAGTTTCAGCGCAGTAATAGATTAGTGTTAC-----ATAATATAAGACCTAA
3781 ||||||*||||||||||*||||*|||||||||*|||||* ||||||||||||**||
chr11.fa TAAAGCAACAGTTTCAGTGCAGGAATAGATTAATGTTATGTAATATAATATAAGACTGAA
5233200 5233210 5233220 5233230 5233240 5233250
5228330 5228340 5228350 5228360 5228370 5228380
chr11.fa TGCTTACCTCAATATCTACTTATCCGTACCTATTTGAAATAAATCATGACTGTTTCATCT
3841 |*|||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|*|||||||||||
chr11.fa TCCTTACTTCAATATCTACTTATCCGTACCTATTTGAAATAAATCACGCCTGTTTCATCT
5233260 5233270 5233280 5233290 5233300 5233310
5228390 5228400 5228410 5228420 5228430 5228440
chr11.fa TAGAAAAATATTTGATTCCATATTCAGGTATGTATGTATACACCAGATGATGTGTATTTA
3901 *||*||||***||**||**|||||||||||||||||||**||||*|||||||||||||||
chr11.fa CAGCAAAAGTATTTTTTTTATATTCAGGTATGTATGTAGGCACCCGATGATGTGTATTTA
5233320 5233330 5233340 5233350 5233360 5233370
5228450 5228460 5228470 5228480 5228490 5228500
chr11.fa CCACTGGATAAGTGTGTGTGCTGGCTGATGACCCAGGGTTTTGGCGTAGCTCTTCTATGC
3961 *||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||
chr11.fa TCACTGGATAAGTGTATGTGCTGGCTGATGACCCAGGGTTTTGGTGTAGCTCTTCTATGC
5233380 5233390 5233400 5233410 5233420 5233430
5228510 5228520 5228530 5228540 5228550 5228560
chr11.fa TCAGTAAAGATGATGGTAGAATGTTCTTTGGCAGGTACTGTGGATTAGAATTAATTATCT
4021 ||*||||||||||||||||||||*|||||**|||*||||*||||||||||||||||||||
chr11.fa TCGGTAAAGATGATGGTAGAATGCTCTTTACCAGATACTATGGATTAGAATTAATTATCT
5233440 5233450 5233460 5233470 5233480 5233490
5228570 5228580 5228590 5228600 5228610 5228620
chr11.fa TGTATAAATGCTAGGTTCACTTCTCAGGGAATCTTACTCTAAGACATAAGATGTGCGTGT
4081 ||||||||||||||||||||||||*|||||||||||*||||||||||||||**||**|*|
chr11.fa TGTATAAATGCTAGGTTCACTTCTTAGGGAATCTTATTCTAAGACATAAGACATGTATTT
5233500 5233510 5233520 5233530 5233540 5233550
5228630 5228640 5228650 5228660 5228670 5228680
chr11.fa ACATGGAAAACAACTCTAAAGAGGCAAGGGTTGTTTTTATTGACTAATAGTCCACACACT
4141 *||||||||||||||||*||||||||*||**|||||| ||||||||||||||||||||||
chr11.fa GCATGGAAAACAACTCTTAAGAGGCAGGGACTGTTTT-ATTGACTAATAGTCCACACACT
5233560 5233570 5233580 5233590 5233600 5233610
5228690 5228700 5228710 5228720 5228730 5228740
chr11.fa ATTATAACTCGAATATTAGTGTACTTTAGACAGCTTTATTTCTAACACAGTGCTGTTTCT
4201 *|*|*|*||*|*||*|*|*||||*||||||||*||||||*|*||||*|||||||||||||
chr11.fa GTGACAGCTGGGATGTCACTGTAGTTTAGACATCTTTATCTGTAACTCAGTGCTGTTTCT
5233620 5233630 5233640 5233650 5233660 5233670
5228750 5228760 5228770 5228780
chr11.fa GACATATTGGACCATTAACAGGGTAGGAAGTATTTATGGTGGTTTTTT
4261 ||||||||||*|**||||||*||*||||||||||*|||*||*||||||
chr11.fa GACATATTGGCCACTTAACATGGCAGGAAGTATTCATGCTGTTTTTTT
5233680 5233690 5233700 5233710