Web document 5.2. Result of PSI-BLAST search against the RefSeq database using RBP4 (NP_006735) as a query. The alignment to apolipoprotein D is shown for nine PSI-BLAST iterations. Note the variations in paramters such as the bit scores, Expect values, percent identities, gaps, and length of aligned regions.

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############################### ITERATION 1 ##################################

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>ref|NP_001638.1| apolipoprotein D precursor [Homo sapiens]

Length=189

Score = 57.4 bits (137), Expect = 3e-07, Method: Composition-based stats.

Identities = 47/151 (31%), Positives = 78/151 (51%), Gaps = 39/151 (25%)

Query 29 VKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQMSATAKGRVRLLNNWDVC 88

V+ENFD ++ G WY + +K P I A +S+ E G ++++LN ++

Sbjct 33 VQENFDVNKYLGRWYEI-EKIPTTFENGRCIQANYSLMENG--------KIKVLNQ-ELR 82

Query 89 ADMVGTFTDTE---------DPAKFKMKY-WGVASFLQKGNDDHWIVDTDYDTYAVQYSC 138

AD GT E +PAK ++K+ W + S +WI+ TDY+ YA+ YSC

Sbjct 83 AD--GTVNQIEGEATPVNLTEPAKLEVKFSWFMPS------APYWILATDYENYALVYSC 134

Query 139 ----RLLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPE 165

+L ++D ++++ +R+PN LPPE

Sbjct 135 TCIIQLFHVD------FAWILARNPN-LPPE 158

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############################### ITERATION 2 ##################################

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>ref|NP_001638.1| apolipoprotein D precursor [Homo sapiens]

Length=189

Score = 175 bits (443), Expect = 1e-42, Method: Composition-based stats.

Identities = 45/163 (27%), Positives = 77/163 (47%), Gaps = 31/163 (19%)

Query 14 GSGRAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQMSA 73

G+A + + V+ENFD ++ G WY + +K P I A +S+ E G++

Sbjct 18 AEGQAFHLGKCPNPPVQENFDVNKYLGRWYEI-EKIPTTFENGRCIQANYSLMENGKIKV 76

Query 74 TAK-----GRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKY-WGVASFLQKGNDDHWIVDT 127

+ G V + T + +PAK ++K+ W + S +WI+ T

Sbjct 77 LNQELRADGTVNQIEG-------EATPVNLTEPAKLEVKFSWFMPS------APYWILAT 123

Query 128 DYDTYAVQYSCR----LLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEA 166

DY+ YA+ YSC L ++D ++++ +R+PN LPPE

Sbjct 124 DYENYALVYSCTCIIQLFHVD------FAWILARNPN-LPPET 159

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############################### ITERATION 3 ##################################

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ref|NP_001638.1| apolipoprotein D precursor [Homo sapiens]

Length=189

Score = 148 bits (375), Expect = 9e-35, Method: Composition-based stats.

Identities = 41/163 (25%), Positives = 76/163 (46%), Gaps = 20/163 (12%)

Query 14 GSGRAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQMSA 73

G+A + + V+ENFD ++ G WY + +K P I A +S+ E G++

Sbjct 18 AEGQAFHLGKCPNPPVQENFDVNKYLGRWYEI-EKIPTTFENGRCIQANYSLMENGKIKV 76

Query 74 TAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKY-WGVASFLQKGNDDHWIVDTDYDTY 132

+ +R + + T + +PAK ++K+ W + S +WI+ TDY+ Y

Sbjct 77 LNQ-ELRADGTVNQI-EGEATPVNLTEPAKLEVKFSWFMPS------APYWILATDYENY 128

Query 133 AVQYSCR----LLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVR 171

A+ YSC L ++D ++++ +R+PN P +

Sbjct 129 ALVYSCTCIIQLFHVD------FAWILARNPNLPPETVDSLKN 165

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############################### ITERATION 4 ##################################

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ref|NP_001638.1| apolipoprotein D precursor [Homo sapiens]

Length=189

Score = 146 bits (368), Expect = 6e-34, Method: Composition-based stats.

Identities = 41/163 (25%), Positives = 76/163 (46%), Gaps = 20/163 (12%)

Query 14 GSGRAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQMSA 73

G+A + + V+ENFD ++ G WY + +K P I A +S+ E G++

Sbjct 18 AEGQAFHLGKCPNPPVQENFDVNKYLGRWYEI-EKIPTTFENGRCIQANYSLMENGKIKV 76

Query 74 TAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKY-WGVASFLQKGNDDHWIVDTDYDTY 132

+ +R + + T + +PAK ++K+ W + S +WI+ TDY+ Y

Sbjct 77 LNQ-ELRADGTVNQI-EGEATPVNLTEPAKLEVKFSWFMPS------APYWILATDYENY 128

Query 133 AVQYSCR----LLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVR 171

A+ YSC L ++D ++++ +R+PN P +

Sbjct 129 ALVYSCTCIIQLFHVD------FAWILARNPNLPPETVDSLKN 165

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############################### ITERATION 5 ##################################

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ref|NP_001638.1| apolipoprotein D precursor [Homo sapiens]

Length=189

Score = 155 bits (393), Expect = 6e-37, Method: Composition-based stats.

Identities = 35/178 (19%), Positives = 69/178 (38%), Gaps = 10/178 (5%)

Query 11 AALGSGRAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQ 70

G+A + + V+ENFD ++ G WY + K I A +S+ E G+

Sbjct 15 FGAAEGQAFHLGKCPNPPVQENFDVNKYLGRWYEIEKIPTTFE-NGRCIQANYSLMENGK 73

Query 71 MSATAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIVDTDYD 130

+ + + + T + +PAK ++K+ + +WI+ TDY+

Sbjct 74 IKVLNQELRA--DGTVNQIEGEATPVNLTEPAKLEVKFS-----WFMPSAPYWILATDYE 126

Query 131 TYAVQYSCRLLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVRQRQEELCLARQYRLIVH 188

YA+ YSC + +++ +R+PN P + ++ +

Sbjct 127 NYALVYSCTCIIQLFHVDF--AWILARNPNLPPETVDSLKNILTSNNIDVKKMTVTDQ 182

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############################### ITERATION 6 ##################################

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>ref|NP_001638.1| apolipoprotein D precursor [Homo sapiens]

Length=189

Score = 151 bits (381), Expect = 2e-35, Method: Composition-based stats.

Identities = 35/178 (19%), Positives = 68/178 (38%), Gaps = 10/178 (5%)

Query 11 AALGSGRAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQ 70

G+A + + V+ENFD ++ G WY + K I A +S+ E G+

Sbjct 15 FGAAEGQAFHLGKCPNPPVQENFDVNKYLGRWYEIEKIPTTFE-NGRCIQANYSLMENGK 73

Query 71 MSATAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIVDTDYD 130

+ + + T + +PAK ++K+ + +WI+ TDY+

Sbjct 74 IKVLNQELRADGTVNQ--IEGEATPVNLTEPAKLEVKFS-----WFMPSAPYWILATDYE 126

Query 131 TYAVQYSCRLLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVRQRQEELCLARQYRLIVH 188

YA+ YSC + +++ +R+PN P + ++ +

Sbjct 127 NYALVYSCTCIIQLFHVDF--AWILARNPNLPPETVDSLKNILTSNNIDVKKMTVTDQ 182

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############################### ITERATION 7 ##################################

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>ref|NP_001638.1| apolipoprotein D precursor [Homo sapiens]

Length=189

Score = 151 bits (381), Expect = 1e-35, Method: Composition-based stats.

Identities = 35/178 (19%), Positives = 68/178 (38%), Gaps = 10/178 (5%)

Query 11 AALGSGRAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQ 70

G+A + + V+ENFD ++ G WY + K I A +S+ E G+

Sbjct 15 FGAAEGQAFHLGKCPNPPVQENFDVNKYLGRWYEIEKIPTTFE-NGRCIQANYSLMENGK 73

Query 71 MSATAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIVDTDYD 130

+ + + T + +PAK ++K+ + +WI+ TDY+

Sbjct 74 IKVLNQELRADGTVNQ--IEGEATPVNLTEPAKLEVKFS-----WFMPSAPYWILATDYE 126

Query 131 TYAVQYSCRLLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVRQRQEELCLARQYRLIVH 188

YA+ YSC + +++ +R+PN P + ++ +

Sbjct 127 NYALVYSCTCIIQLFHVDF--AWILARNPNLPPETVDSLKNILTSNNIDVKKMTVTDQ 182

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############################### ITERATION 8 ##################################

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>ref|NP_001638.1| apolipoprotein D precursor [Homo sapiens]

Length=189

Score = 151 bits (381), Expect = 1e-35, Method: Composition-based stats.

Identities = 35/178 (19%), Positives = 68/178 (38%), Gaps = 10/178 (5%)

Query 11 AALGSGRAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQ 70

G+A + + V+ENFD ++ G WY + K I A +S+ E G+

Sbjct 15 FGAAEGQAFHLGKCPNPPVQENFDVNKYLGRWYEIEKIPTTFE-NGRCIQANYSLMENGK 73

Query 71 MSATAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIVDTDYD 130

+ + + T + +PAK ++K+ + +WI+ TDY+

Sbjct 74 IKVLNQELRADGTVNQ--IEGEATPVNLTEPAKLEVKFS-----WFMPSAPYWILATDYE 126

Query 131 TYAVQYSCRLLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVRQRQEELCLARQYRLIVH 188

YA+ YSC + +++ +R+PN P + ++ +

Sbjct 127 NYALVYSCTCIIQLFHVDF--AWILARNPNLPPETVDSLKNILTSNNIDVKKMTVTDQ 182

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############################### ITERATION 9 ##################################

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>ref|NP_001638.1| apolipoprotein D precursor [Homo sapiens]

Length=189

Score = 151 bits (381), Expect = 1e-35, Method: Composition-based stats.

Identities = 35/178 (19%), Positives = 68/178 (38%), Gaps = 10/178 (5%)

Query 11 AALGSGRAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQ 70

G+A + + V+ENFD ++ G WY + K I A +S+ E G+

Sbjct 15 FGAAEGQAFHLGKCPNPPVQENFDVNKYLGRWYEIEKIPTTFE-NGRCIQANYSLMENGK 73

Query 71 MSATAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIVDTDYD 130

+ + + T + +PAK ++K+ + +WI+ TDY+

Sbjct 74 IKVLNQELRADGTVNQ--IEGEATPVNLTEPAKLEVKFS-----WFMPSAPYWILATDYE 126

Query 131 TYAVQYSCRLLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVRQRQEELCLARQYRLIVH 188

YA+ YSC + +++ +R+PN P + ++ +

Sbjct 127 NYALVYSCTCIIQLFHVDF--AWILARNPNLPPETVDSLKNILTSNNIDVKKMTVTDQ 182